Sara rivela a Pope che nella bruciatura di Michael c'era un pezzetto di stoffa proveniente da una divisa delle guardie. Bellick decide di far realizzare il pavimento della stanza delle guardie da una ditta esterna; Il gruppo ha così poche ore per chiudere il passaggio appena realizzato venendo però bloccato da un'altra guardia che li sposta in un'altra ala della prigione. Pope chiede a Michael il nome della guardia coinvolta con le sue ferite ma non ricevendo da lui alcuna risposta lo manda nella cella di isolamento. A Sucre, l'unico con un passaggio secondario nella cella, spetta il compito di ricoprire il buco all'interno della sala delle guardie prima dell'arrivo dei tappezzieri. Veronica, Nick e LJ vanno a recuperare il cellulare dal cadavere di Quinn al pozzo ma il ragazzo scopre che l'uomo, prima di morire, aveva inciso sulla pietra il vero nome dell'agente dei Servizi Segreti Paul Kellerman: Owen Kravecki; Trovato il suo indirizzo, si reca, all'insaputa di Veronica e Nick, presso la sua abitazione con l'intenzione di vendicarsi venendo però arrestato dalla polizia dopo uno scambio di battute con Kellerman. Michael sembra non reggere all'isolamento e comincia a mostrare segni di instabilità mentale dopo non essere riuscito a ricordare le posizioni delle gallerie sotterranee necessarie per la fuga. Sucre sgattaiola di notte attraverso il passaggio della sua cella e riesce a chiudere il buco e rasare il nuovo pavimento ma viene intercettato dalle guardie mentre cerca di rientrare in cella; Con la scusa di aspettare dall'esterno delle mutandine della compagna, che in realtà erano delle mutandine recuperate da T-Bag da un altro carcerato, Sucre riesce semplicemente a ricevere un isolamento. Tweener comunica a Bellick che il gruppo di Scofield stava tramando qualcosa riguardante il pavimento della stanza delle guardie; Dopo un sopralluogo infruttuoso, Bellick rompe il suo legame con il giovane ragazzo abbandonandolo ai membri anziani del carcere. Dopo essersi auto procurato danni fisici, Michael viene mandato al reparto psichiatrico dove reincontra Haywire a cui rivela che il suo tatuaggio era realmente un percorso come l'uomo pensava. L'idea di Michael è farsi ridisegnare la porzione di tatuaggio persa, ma Haywire non ricorda nemmeno chi sia Michael.
