Nagato prosegue il suo racconto. Raggiunti i Ninja Leggendari, gli orfani vengono attaccati e, per salvare Yahiko, Nagato ricorre nuovamente al Rinnegan, il che convince Jiraiya ad allenare i ragazzi. Passati tre anni, il maestro lascia il paese ritenendo i suoi allievi ormai autosufficienti. Questi fondano un gruppo, il cui scopo è il raggiungimento della pace senza ricorrere alla violenza. I 3 vengono contattati con un pretesto da Hanzo il quale, con l'aiuto di Danzo, tende loro un'imboscata. Per salvare Konan, Yahiko si uccide gettandosi su un kunai in mano a Nagato, il quale, in preda alla rabbia, evoca un mostro, rimanendo gravemente ferito a sua volta, con cui uccide tutti i nemici ad eccezione di Hanzo che riesce a fuggire. Nagato afferma che la morte di Yahiko è stata la sua seconda causa di dolore.
