Akcja dzieje się w świecie równoległym do świata przedstawionego w Fate/stay night. W tym świecie Święty Graal został usunięty z Fuyuki po Trzeciej Wojnie o Świętego Graala, przepadając na wiele lat. W związku z tym wydarzenia z Fate/stay night oraz Fate/Zero nigdy nie miały miejsca. Około 2000 roku, mniej więcej w tym samym czasie w jakim powinna wybuchnąć Piąta Wojna o Świętego Graala, rodzina Yggdmillennia otwarcie zadeklarowała swoje odłączenie się od Stowarzyszenia Magów oraz poinformowała, że jest w posiadaniu Świętego Graala. Stowarzyszenie wysyła pięćdziesięciu magów, by odzyskać artefakt, jednak wszyscy, z wyjątkiem jednego, zostają natychmiastowo zabici przez Lancer’a. Ostatniemu z magów udaje się aktywować zapasowy system Świętego Grala, pozwalający na przyzwanie maksymalnie czternastu sług, bohaterów przeszłości.
