Mentre Elisio prosegue nel suo piano di impadronirsi di Luminopoli, i nostri eroi fanno ciò che possono per contrastarlo. Ash e i suoi Pokémon sono stati catturati, ma quando Alan si rende conto che è stato il suo lavoro per Elisio a portare a questo disastro, li aiuta a liberarsi. Così, Ash e Alan uniscono le forze e sfidano Elisio! Mollicino, rivelatosi il Pokémon leggendario Zygarde, sta ancora lottando contro lo Zygarde del Team Flare, ma presto la loro terribile macchina porta anche lui sotto il loro controllo, mentre Clem non può che osservare disperata! Il destino del mondo è in bilico... Chi la spunterà?