После ночного кошмара Сплинтера, где Шреддер побеждает черепашек, он начинает тренировать сыновей в режиме 24/7. Вскоре черепашкам предстоит защитить дом в канализации, потому что Шреддер приказывает уничтожить его с помощью хлорсульфоновой кислоты (опасный химикат, сильно реагирующий на воду).
