После того как Эйприл получила послание от отца, переданное голубем-мутантом по имени Пит, она и черепашки отправляются на миссию по спасению отца Эйприл и спасению Нью-Йорка от мутагенной бомбы. Но черепашки оказываются совершенно не готовы к встрече с Шреддером, который нападает на них. Случайно на Криса Брэдфорда и Ксевера попадет мутаген и они мутируют.
